De preferência um sistema de arquivos que não tenha o recurso de 'journal'. Pode ser o FAT, FAT32 exFat. Evite o NTFS e a família ext, por exemplo.
Mas lembre-se que essa dica é para o caso de dispositivos removíveis, como pendrives. Sistemas de arquivos jornalados são ótimos para partições com um SO instalado: NTFS -> Windows e ext4 -> Linux.
