Quando você faz o backup, salva todas as informações do seu celular, e não tem problema nenhum restaurar o backup em um iPhone com iOS atualizado.
A única restrição é que não dá pra passar o backup para uma versão anterior, por exemplo, o backup é de iOS 6.1.3 e o iPhone está no iOS 6.1.1, neste caso não dá porque a versão do iOS do iPhne é inferior!
